Przyznam, że interesujący problem. Oba przypadki z rzędu złośliwych i nietypowych.
Z ciekawości zapytam, czy są to jedyne zmiany ustawień IE11 jakie chcesz wprowadzić,
czy tylko takie, których wprowadzić ci się nie udało?

Internet Explorera można skonfigurować poprzez rejestry (co robi chyba również PowerShell),
przez polisy (wstępny ogląd ogląd inetres.admx mówi, że chyba jest szansa) i może również
skryptami .vbs (choć tu nie znalazłem na szybko wystarczających opisów). Pewnie ciągle coś
można próbować uzyskać przez IEAK 11, ale narzędzie nie jest wspierane w Windows 10.
Jak inaczej się nie uda, zawsze pozostają narzędzia typu AutoHotkey lub napisanie instrukcji.

Przy okazji pytania: na jakiej/jakich wersjach Windows pracujecie, czy jest to wersja spolszczona,
czy jak na zrzutach ekranu angielska i jakie możliwości już u siebie sprawdzaliście.
Jeśli znajdę trochę więcej czasu spróbuję się temu przyjrzeć dokładniej.